Активами основного целевого капитала «Уставная деятельность Северо-Восточного федерального университета им. М.К.Аммосова» с 2012 года доверено управлять АО «ААА Управление Активами». В качестве пионера в отрасли управления активами эндаументов управляющая компания объединяет пул старейших некоммерческих организаций отрасли.
«УК Первая» - одна из старейших управляющих компаний в России по праву считающаяся основателем отечественной индустрии управления активами - управляет одним из целевых капиталов фонда с 2015 года.
С 2021 года активами Фонда целевого капитала СВФУ в результате закрытого конкурсного отбора доверено управлять управляющей компании «РЕГИОН Эссет Менеджмент»
«АО «ВИМ Инвестиции» — управляющая компания c 2002 года. Основными направлениями деятельности являются деятельность по управлению инвестиционными фондами, паевыми инвестиционными фондами и негосударственными пенсионными фондами.