Активами основного целевого капитала «Уставная деятельность Северо-Восточного федерального университета им. М.К.Аммосова» с 2012 года доверено управлять АО «ААА Управление Капиталом». В качестве пионера в отрасли управления активами эндаументов управляющая компания объединяет пул старейших некоммерческих организаций отрасли.
«УК Первая» - одна из старейших управляющих компаний в России по праву считающаяся основателем отечественной индустрии управления активами - управляет одним из целевых капиталов фонда с 2015 года.

С 2021 года активами Фонда целевого капитала СВФУ в результате закрытого конкурсного отбора доверено управлять управляющей компании «РЕГИОН Эссет Менеджмент»

«АО «ВИМ Инвестиции» — управляющая компания c 2002 года. Основными направлениями деятельности являются деятельность по управлению инвестиционными фондами, паевыми инвестиционными фондами и негосударственными пенсионными фондами.

АО «Альфа-Капитал» Управляет активами целевого капитала студентов с 2026 г. Глубокие компетенции, многоуровневая система риск-менеджмента и фундаментальный подход к инвестициям составляют основу ценностной философии компании.